（1）、不出现扩增条带

a）、引物设计有误：核对引物设计方案。

b）、扩增体系配制错误：重复实验。

c）、扩增反应条件不优化：调整Mg2+浓度、酶量、扩增程序。

d）、模板质粒质量偏差：长期放置、反复冻融会导致模板质粒断裂、开环或降解，应使用新鲜制备的质粒作为模板。

e）、模板的GC含量：GC含量过高会导致DNA的双链无法完全打开，此时加入PCR Enhancer(货号P021)可以有效降低解链温度；GC含量过低会导致扩增效率较差，可适当延长引物长度或通过TD PCR摸索合适的反应条件。

2)、出现非特异性扩增带

a）、引物设计不够优化：引物与靶序列有非特异性互补或自身聚合成二聚体，可降低引物浓度进行优化，必要时重新设计引物。

b）、模板不纯：模板被污染，需重新制备模板。

c）、试验条件不够优化：如果出现比目的条带小的杂带，可通过提高退火温度、降低循环数调整；如果出现比目的条带大的杂带，可缩短延伸时间、降低循环数；另外，可降低Mg2+及酶的浓度。

3)、条带弥散或拖尾

a）、模板降解或过量：可通过电泳检查模板完整性及浓度，必要时重新纯化模板，对于简单模板(例如质粒、λDNA)，每50ul反应使用1pg-10ng DNA；对于复杂模板(例如基因组、cDNA)，每50ul反应使用1ng-1ug DNA。

b）、酶量加太多：如高保真系列：50ul反应体系加1U，Taq系列：50ul体系加2U。

4)、条带很暗

a）、增加模板量，提高循环数。

b）、多扩几管，胶回收浓缩。

5)、产物有错配

a）、检查原始模板是否原本就是突变或错配的。

b）、少量序列存在非严谨序列，有相似重组序列，导致重组错位。